Thierry Malandain a commencé sa carrière de danseur au Ballet du Rhin. Il rejoint ensuite le Ballet Théâtre Français de Nancy où il restera jusqu’en jusqu’en 1986. C’est à cette époque qu’il fait ses premières expériences de chorégraphe. En 1986, Thierry Malandain quitte le Ballet Théâtre Français de Nancy et fonde la compagnie Temps Présent qui s’installe à Elancourt. Des pièces comme "L’Homme aux semelles de vent" ou "Edgar Allan Poe" et surtout "Folksongs" contribuent à le faire reconnaître comme un jeune talent prometteur. En 1991, Thierry Malandain monte "Pulcinella" sur la scène de la Maison de la Culture de Saint-Etienne. Le directeur est en train de guider l’institution vers son nouveau rôle d’Opéra-Théâtre. Il propose à la compagnie Temps Présent de l’accueillir en résidence à Saint-Etienne. C’est à cette époque que le chorégraphe créé plusieurs de ses ballets les plus repérés : "La Fleur de pierre", "l’Après-midi d’un faune", "Casse Noisette", etc.
En 1997, le Ministère de la Culture et de la Communication et la ville de Biarritz lui offrent de fonder le 19ème CCN français. Dès septembre 1998, le Centre Chorégraphique National - Ballet Biarritz voit le jour.
En 2003, Ballet Biarritz franchit une étape importante. Pour la première fois, la troupe se produit officiellement à Paris (Théâtre national de Chaillot), tandis qu’à Moscou. C’est à partir de ce moment que le CCN devient l’un de ceux assurant le plus grand nombre de représentations annuelles accompagné d’une forte présence internationale. Nombreuses des 80 œuvres de Thierry Malandain sont au répertoire d’autres grandes compagnies, de Caracas à Hong Kong, en passant par West Palm Beach, Riga, Tunis, Karlsruhe ou encore au Sadamatsu Hamada Ballet. En France, au Ballet de l'Opéra national du Rhin, au Ballet national de Marseille, au Ballet de l’Opéra national de Bordeaux, etc.
En 2004, il devient le directeur artistique du festival de danse Le Temps d'Aimer organisé par la ville de Biarritz. Il abandonne ce poste en 2005 avant de le reprendre définitivement en 2008.
En août 2009, Thierry Malandain est élevé au grade d’officier des Arts et Lettres. C’est avec une nouvelle appellation « Malandain Ballet Biarritz » que débute pour le chorégraphe une nouvelle ère.
En 2013, il crée le Ballet "Cendrillon" qui fait l'unanimité de la presse et du public. Il reçoit pour cette création le "Prix du meilleur chorégraphe" aux Taglioni European Ballet Awards décerné par la fondation Malakhov à Berlin.
En 2017, après les représentations parisiennes de sa création Noé à Chaillot-Théâtre national de la Danse, le Malandain Ballet Biarritz reçoit le "Prix de la meilleure compagnie" décerné par l’Association professionnelle de la critique de théâtre, de musique et de danse.